武汉新型冠状病毒与SARS初步比较结果，附26例新型病毒基因组序列“一键下载”

截止到2020年1月23日，“全球共享流感病毒数据库GISAID”数据库中已发布了26例新型冠状病毒基因组序列，由于访问该数据库中的序列信息需要注册与审核，为了方便数据的下载与分析，我们已将所有26例病毒基因组序列及相关样本信息，上传至百度网盘，供公开下载。为避免权限问题链接已失效，请参见底部留言

26例新型冠状病毒基因组序列下载二维码：

提取码：a6wk

冠状病毒科病毒是一类呈球形、表面有突起、电镜下观察相似皇冠的病毒，病毒基因组为线性单链RNA，直径在75-160nm。

2019新型冠状病毒，也被称为2019-nCoV，2020年1月12日被世界卫生组织命名的新型病毒。研究表明2019-nCoV与2003年“非典”SARS冠状病毒和“中东呼吸综合征”MERS冠状病毒一样，同属于β属冠状病毒。通过基因序列比对，2019-nCoV与SARS-CoV有约80%相似性，与MERS-CoV有40%的相似性。

从基于基因组序列构建的进化树来看，新型冠状病毒与普通感冒冠状病毒（绿色）关系并不接近，而是与SARS冠状病毒更为接近。

图：冠状病毒进化树，红色：新型冠状病毒（BetaCoV）；蓝色：SARS 冠状病毒（SARS-CoV）；紫色：中东呼吸系统综合征冠状病毒（MERS-CoV） ；绿色：普通感冒冠状病毒。来源：GISAID

2019新型冠状病毒基因组大小29903个核苷酸，主要表达10个基因，其中表达的S蛋白（spike protein）是冠状病毒最重要的表面蛋白之一，与病毒的传染能力相关。S蛋白具有使病毒与宿主细胞膜受体结合及膜融合功能，决定了病毒的宿主范围和特异性；此外，S蛋白可通过受体结合区的基因重组或突变实现不同宿主间传播，并导致较高致死率；同时，S蛋白也是宿主中和抗体的重要作用位点，以及疫苗设计的关键靶点。

虽然在基因组序列层面新型BetaCoV与SARS冠状病毒有些相似，但如下图所示，新型BetaCoV的S蛋白在表面表位以及受体结合域有很大不同！因此，新型病毒的传染性和严重性尚无法预测。此外，基于S蛋白设计的SARS-CoV候选疫苗对新型BetaCoV病毒或许也只有有限的交叉免疫反应。 

图：新型冠状病毒S蛋白与SARS的比较，来源：GISAID

值得注意的是，新型冠状病毒的主要蛋白酶（Main protease）与SARS之间高度保守，具有96%的总体同源性，是潜在的药物靶点；其中，基质与抑制剂的结合口袋部位与SARS是100%保守；因此，针对SARS-CoV主要蛋白酶开发的抑制剂或将具有与BetaCoV相似的结合潜力。

图：新型冠状病毒与SARS主要蛋白酶的比较，来源：GISAID

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